As atividades do PPGEA são desenvolvidas em regime acadêmico semestral, com disciplinas obrigatórias e eletivas de 3 (três) créditos, equivalentes a 45 horas-aula. O tempo mínimo para o aluno concluir o Curso de Mestrado em Engenharia de Alimentos no PPGEA/UFU é de 12 meses e o máximo 24 meses. O candidato ao título de mestre deverá concluir 6 créditos em disciplinas obrigatórias, 3 créditos em "Seminários e Redação Científica" e 9 créditos em disciplinas eletivas, bem como a elaboração de uma Dissertação de Mestrado. Para os alunos bolsistas, o componente "Estágio Docência" na graduação também é obrigatório.