O Programa de Pós-graduação em Engenharia de Alimentos (PPGEA) tem como objetivo formar recursos humanos com competência na área de Engenharia de Alimentos, dentro do contexto agrário do país, contribuindo assim com o desenvolvimento tecnológico para a produção de alimentos e qualidade de vida da sociedade.

A área de concentração visa englobar as etapas e variáveis envolvidas no desenvolvimento de processos na Indústria de Alimentos, tendo como foco principal a otimização dos mesmos em termos econômicos, ambientais e de qualidade do produto. Também visa o estudo da caracterização da matéria-prima e obtenção do produto, reaproveitamento ou ainda a redução/eliminação dos resíduos gerados no processo de fabricação. Dentro deste foco principal também serão consideradas outras questões não menos importantes, tais como as relacionadas à transferência de tecnologia e boas práticas necessárias para fabricação, tendo a preocupação em garantir que os produtos não apenas atendam aos requisitos de qualidade do alimento, mas também que seja proporcionada a segurança e bem estar dos envolvidos nos processos produtivos.

A área de concentração será composta por duas linhas de pesquisa, que são "Processos Biotecnológicos" e "Desenvolvimento de Processos e Produtos". As duas linhas de pesquisa englobam os dois grupos de pesquisa que compõem o programa. Assim, há parceria de projetos entre docentes do mesmo grupo e de grupo diferente. Sendo assim, os docentes já vêm trabalhando com colaboração entre si em projetos de iniciação científica e em coorientação de mestrado e doutorado no Programa de Pós-graduação em Engenharia Química. As Linhas de Pesquisa são divididas pelas atividades desenvolvidas por cada docente no programa e artigos publicados fora do triênio anterior ao ano de criação do Programa, mas que tenham sido relevantes na carreira do docente.